Il colore degli occhi è un tratto poligenico determinato principalmente dalla quantità di melanina e dal tipo di pigmento dell'iride. Gli animali hanno molte variazioni del fenotipo per quanto riguarda il colore degli occhi. Negli esseri umani, in particolare, queste variazioni sono attribuite dal variare della proporzione di melanina prodotta dai melanociti dell'iride. Gli occhi sgargianti di molti tipi di uccelli sono largamente prodotti da altri pigmenti, come la pteridina, purina e i carotenoidi.